Die  Jesuitenkirche ist der heiligsten Dreifaltigkeit geweiht. Sie wurde vom Erzherzogpaar Leopold V. und Claudia de' Medici gestiftet und während des 30-jährigen Krieges erbaut (1623-40). Von Anfang an bis heute war sie - mit zwei Unterbrechungen - dem Jesuitenorden für die Seelsorge anvertraut.

Seit 1777 ist sie die offizielle Universitätskirche. 1809 fand hier das Herz-Jesu-Gelöbnis des Landes Tirol statt, das bis heute jedes Jahr erneuert wird. Auch viele künstlerische Aktivitäten haben in dieser Kirche ihren Platz. Nach den großen Zerstörungen im zweiten Weltkrieg ist die Kirche seit 1953 wieder geöffnet.

Die endgültige Wiederherstellung in ihrer spätbarocken Gestalt fand bei der Innenrenovierung 2003/4 statt. In der Krypta befinden sich die Gräber der in Innsbruck verstorbenen Jesuiten sowie des Stifterpaares und weiterer fürstlicher Persönlichkeiten. Der Nordturm enthält seit 1959 die "Schützenglocke", mit 9 200 kg die viertgrößte Glocke Österreichs.